目指す進路に合わせたコース設定
高校1年 - 基礎学力養成・志望校決定
- 難関大・国公立大医学科コース
- 尚学パイオニアコースα（理系クラス・文系クラス）
- 尚学チャレンジャーコース（理系クラス・文系クラス）
- 国際文化科学コース（国際バカロレアDP）
- 尚学パイオニアコースβ（旧体育）
各コース内では英語、数学の2教科については、適宜、進度別・習熟度別の授業を行い、学習項目の効率的な習得を目指します。高校入学生はコースごとにまとまったクラスに所属し、内進生と進度が異なる授業の際には、少人数による分散授業を行います。
高校2年 - 志望大学グループ別クラス編成
- 難関大・国公立大医学科コース
- 国公立（私立）文系コース
- 国公立（私立）理系コース
- 国際文化科学コース（国際バカロレアDP）
- 尚学パイオニアコースβ（旧体育）
各自の志望・学力レベル等により、目標を共有する5グループに編成します。各コースでは志望大学にあわせた授業を実施し、受験準備に入ります。各コースに定員は設けていません。1月からは新高3体制がスタートします。
高校3年 - 受験対策
- 旧帝大クラス
- 国公立大医学科クラス
- 難関大クラス
- 国公立理系コース
- 私立理系クラス
- 国公立文系コース
- 私立文系コース
- 国際文化科学コース（国際バカロレアDP）
- 尚学パイオニアコースβ（旧体育）
希望者が一定人数に達した場合は、私立文系コース／私立理系コースを開設します。高3では、実践演習型の授業をふんだんに採り入れ、大学入学共通テスト対策、2次試験対策など大学入試に直結した授業が展開されます。また、休日等を利用して弱点補強型講座を実施します。
難関大・国公立大医学科コース
目標大学：難関国立大、国公立大医学科
東大をはじめとする難関国立大（旧帝大、東京科学大、一橋大、神戸大）もしくは国公立大医学科への進学を目指します。高3進級時には「旧帝大クラス」「国公立大医学科クラス」「難関大クラス」へ細分化します。また、早稲田大、慶應義塾大、上智大、ICU国際基督教大などの難関私立大の併願受験も目標とします。
尚学パイオニアコースα
（理系クラス・文系クラス）
目標大学：医学科や旧帝大を含む難関国公立大、難関私立大
医学科や旧帝大を含む難関国公立大および難関私立大への進学を目指します。高2進級時には「難関大・国公立大医学科コース」「国公立理系コース」「国公立文系コース」の3コースに再編成されます。
尚学チャレンジャーコース
（理系クラス・文系クラス）
目標大学：国公立大、難関私立大
国公立大および難関私立大への進学を目指します。高2進級時には「難関大・国公立大医学科コース」「国公立理系コース」「国公立文系コース」の3コースに再編成されます。
尚学パイオニアコースβ（旧体育）
競技種目：野球、柔道、硬式テニス、なぎなた、空手道
目標大学：国公立大、私立大
学業とスポーツを両立させて国公立大や私立大への進学を目指します。