本校では、小学校の学習内容の習熟度に応じて、尚学パイオニアコース（SPC）と尚学チャレンジャーコース（SCC）の2コースを開設し、個々の生徒の状況に応じた効果的・効率的な指導を行っています。

※高2進級時には、両コースの生徒たちが志望大学に応じて5コースに再編成され、受験準備に入ります。毎年、尚学パイオニアコース（SPC）出身者はもちろん、尚学チャレンジャーコース（SCC）出身者も国公立大学や難関私立大学、そして旧帝大や国公立大医学科へ進学しています。なお、どちらのコースも中学2年までに中学生課程を終了し、中学3年から高校生課程に入ります。

※高2進級時には、各自の志望や学力レベルにより、難関大・国公立大医学科コース、国公立（私立）文系コース、国公立（私立）理系コース、国際文化科学コース、尚学パイオニアコースβに再編成します。各コースに定員は設定していません。

中学入学前に、英語で他教科を学んだことのある生徒、または英語を用いる海外生活の経験がある生徒で、かつ英検2級を取得、あるいは同等かそれ以上の英語力を有する生徒が対象となるクラスです。このクラスは尚学パイオニアコース、尚学チャレンジャーコースに1クラスずつ設置され、このクラスに在籍する生徒は、毎年2月に行われる新中1生コース・クラス編成テスト時のEnglish Placement Testによって決定します。

授業はネイティブの英語教師が担当し、英語でのディベート・ディスカッション、エッセイ・ライティング、レポート作成、プレゼンテーションが授業のコアカリキュラムです。また英検準1級、英検1級取得に向けた課題にも取り組みます。義務教育のカリキュラムに沿った英語の授業は、日本人の英語教師が担当します。英語上級クラスに在籍するためには、英語の定期テストおよび模試で一定以上の成績を維持する必要があります。

なお、帰国生やインターナショナルスクール出身者が本校への入学を希望する場合、一般の児童と同様に入学試験を受験し、特別基準で合否を決定します（海外滞在歴やインターナショナルスクール名、在籍期間等を出願時に入力してください）。